深圳市，是一座現代化的城市，也是中國經濟發展的重要區域。隨著日本市場的開放和便利化政策的推行，越來越多的企業開始進入日本市場，注冊日本公司成為企業進行國際化的重要舉措。而在深圳注冊日本公司，流程不復雜，費用也不高，只需注意以下幾點：

首先，注冊公司的費用并不是說工商局登記注冊要收費，而是很多人不知道怎么注冊，找代辦公司幫忙代辦的跑腿費。一般注冊公司收費在500元左右，有的公司有優惠活動，可能會更便宜。

其次，除了注冊費用，還需要涉及到核名、商務掛靠地址和刻章等費用。其中，核名是免費的；商務掛靠地址每年需要費用900元起；而深圳注冊公司所需的刻章是免費的。

接著，注冊公司之后還需要做賬報稅，這也是需要一定費用的。做賬報稅的收費各個公司都沒有統一價，一般做賬公司，小規模都是一年2000左右，如果是一般納稅人，一般納稅人記賬報稅一年差不多是5000-6000元。

最后，如果要在日本開設銀行賬戶，要注意銀行開戶是不收費的，但如找代辦公司幫忙，會收取跑腿費。對公戶開好之后，銀行每年會收取一個賬戶管理費，不同銀行定價標準不一樣，一般就是幾百塊錢。

總之，在深圳注冊日本公司并不復雜，費用一般也不高。需要注意的是，注冊公司之后還需要做好做賬報稅等后續工作，以保證公司正常運營。同時，也要注意各項費用，尤其是找代辦公司幫忙跑腿的費用，可以選擇自己完成以節省費用。