深圳作為中國改革開放的風向標城市，具有豐富的資源和優越的地理位置，吸引了海內外眾多企業的關注和投資。同時，日本作為東亞經濟體中的重要成員，在亞洲地區的發展及海外市場拓展上具有重要的作用。因此，如何在日本注冊公司成為了深圳企業投資海外和拓展海外市場的重要選擇之一。

首先，想要在日本注冊公司，需要了解日本的相關法律規定和政策。在此，建議咨詢專業的律師，以確保公司的注冊過程符合日本的法律規定，也可以避免因未知法律條文而造成的不必要損失。同時，也需要了解日本當地的市場情況，包括消費群體、市場競爭、產品需求等方面。

其次，選擇合適的注冊地點是很關鍵的。在日本注冊公司需要考慮不同城市的區別以及代表處與子公司的不同。當前，日本主要的金融中心有東京、大阪等城市，企業可以根據自身需求選擇不同的地點進行注冊。值得注意的是，選擇地點要考慮到當地的文化和語言差異，對于初次跨國投資的企業，建議選擇在深圳本土有較為廣泛業務開展的城市注冊。

第三，需要準備相關材料以及支付一定的費用。在日本注冊公司所需要的文件包括申請書、章程、法人或自然人股東身份證明以及住所使用證明等。此外，在注冊公司過程中，還需要為核名、商務掛靠地址等步驟支付相應的費用。另外，在公司注冊完成后，企業還需要支付日本當地的做賬、報稅等相關費用。如果需要開戶，還需要支付相關手續費用。

總的來說，日本作為亞洲兩大經濟體之一，具有良好的商業氛圍和市場潛力。深圳企業在注冊日本公司時需要做好前期的市場和法律調查工作，了解當地的政策和規定，并選擇合適的注冊地點。同時，在注冊公司過程中需要支付一定的費用，并提前準備好相關的材料和證明文件。以上僅為短暫的概述，具體細節需根據個人情況而定。