深圳南山區注冊公司的流程與其他地區差別不大，但由于南山區是深圳的高新技術產業聚集地，因此涉及到的行業和步驟有些許不同。以下是深圳南山區注冊公司需要注意的流程和費用：

1. 公司名稱核名

公司名稱核名是注冊公司的第一步，需要想好公司名字，確定不同于已有公司的唯一性，申請核名。南山區的重點產業包括電子信息、生物醫藥、新材料等，所以在選擇公司名稱時建議與這些行業相關。

2. 簽署合同與章程

公司設立登記申請書和公司章程是注冊公司需要的兩份主要文件。公司章程需要包含公司的組織機構、業務范圍、公司章程變更等內容。

3. 注冊地址

南山區內有許多寫字樓、商務中心可供租賃使用，注冊公司時需要確定公司的地址，一般會選擇商務區或高新技術園區建立公司。

4. 注冊資本

和其他地區一樣，注冊公司時需要注明注冊資本，但南山區在一些關注高新技術行業的政策措施中，有可能會提供注冊資本扶持政策。

5. 刻章

在深圳注冊公司，刻章是免費的，需要到附近的刻章店直接拿取即可。但如果是公司名稱變更需要換章，需要支付200-500元不等的換章費用。

6. 開立銀行賬戶

在南山區注冊公司后，需要開立銀行賬戶，并注明公司的資金狀況和收支往來，建議選擇本地的大型銀行如交通銀行、招商銀行等。

7. 廣告登記

根據深圳市規定，公司在注冊之后需要進行廣告登記。南山區廣告登記需到深圳市廣告監測中心完成。廣告內容包括公司名稱、logo、宣傳圖片和海報等。

8. 稅務登記

在注冊公司之后需要到國家稅務局登記，辦理稅務登記證。

總的來說，南山區注冊公司的費用與其他地區相差不大，主要包括核名費、商務地址租賃費、做賬報稅費等，其中做賬報稅費用因具體情況而異。同時，需要持有公司設立登記申請書、公司章程、法人股東身份證及其復印件、代理人身份證及其復印件、住所使用證明等材料。

總之，深圳南山區注冊公司的步驟并不復雜，需要關注政策和市場情況，同時選擇可靠的代理公司進行注冊，以避免不必要的跑腿費和麻煩。