在深圳被拆遷的房屋注冊公司并合法經營，需要注意很多事項。首先，深圳注冊公司流程并不復雜，費用也不高。不過，很多人由于不知道怎么注冊，就找代辦公司幫忙代辦，導致費用居高不下。一般來說，注冊公司收費在500元左右。注冊公司之后，還需要做賬報稅，因此一些公司只收取做賬報稅的費用，而注冊費用會贈送。

除了上面提到的費用，注冊公司還包括核名、商務掛靠地址、刻章、做賬報稅、銀行開戶等。其中，核名是免費的，商務掛靠地址的費用是在900元以上。刻章是免費的，不過如果是更改公司名稱需要換章，就需要自己付費。做賬報稅的收費因公司而異，一年的費用在2000元左右，一般納稅人會更高。

銀行開戶是不收費的，不過找代辦公司幫忙代辦，可能會收取一些跑腿費。對公戶開好之后，銀行每年會收取一個賬戶管理費，數額不一。如果公司不再運營，需注銷掉銀行賬戶。

注冊公司需要準備的材料包括公司設立登記申請書、公司章程、法人股東資格證明或者自然人股東身份證及其復印件、代理人身份證及其復印件、住所使用證明等。

總的來說，注冊公司的過程需要注意費用和材料，但并不復雜。如果能夠了解到這些費用和流程，注冊公司也不會成為難事。