在深圳內資公司注冊代理過程中，需要注意一些問題，以確保順利注冊公司并輕松開展業務。

首先，注冊公司的費用不是很高，一般在500元左右。不過，很多人會選擇找代辦公司幫忙代辦注冊過程中的跑腿費用。除此之外，還需要注意以下幾個費用：核名費用、商務掛靠地址費用和刻章費用。可以了解不同公司的收費情況，選擇適合自己的公司。

其次，做賬報稅也是注冊公司不可避免的一個環節。不同的公司做賬報稅的收費不一樣，小規模公司一般是一年2000元左右，而一般納稅人則需要一年5000-6000元左右。同時，在開戶方面，銀行不會收取開戶費用，但是如果找代理公司幫忙辦理，需要支付一定的跑腿費，因為開戶手續比較繁瑣。

最后，注冊公司所需的材料也需要仔細準備。包括公司設立登記申請書、公司章程、法人股東資格證明或自然人股東身份證復印件、代理人身份證及其復印件以及住所使用證明等。

綜上所述，深圳內資公司注冊代理需要注意的問題包括費用、做賬報稅和開戶問題，以及需要準備的相關材料。準備充分、選擇適合的公司和代理，可以減少等待和不必要的煩惱，讓公司注冊過程更加高效、快捷。